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• ITSA6K accessRights PUBLIC @default.
• ITSA6K bibliographicCitation "Van Weyenbergh, Johan, 2025, "HAM GWAS Summary Statistics", https://doi.org/10.48804/ITSA6K, KU Leuven RDR, V1" @default.
• ITSA6K contributor 9a15b53fa6f8d9dd50c46074ecf71f60820dfeb9 @default.
• ITSA6K created "2025-04-08T14:06:21Z" @default.
• ITSA6K creator 0000-0003-3234-8426 @default.
• ITSA6K description "Achtergrond: HTLV-1 is een raadselachtig retrovirus dat een slopende neuro-inflammatoire ziekte veroorzaakt, HTLV-1-geassocieerde myelopathie (HAM), met onbekende pathogenese. Zowel HTLV-1-infectie als HAM treffen voornamelijk vrouwen en niet-blanke verwaarloosde populaties. HAM heeft geen ziektemodificerende behandeling, omdat de huidige behandeling meestal symptomatisch is en is geïnspireerd op therapeutische strategieën voor HIV-1 of multiple sclerose. Methoden: We gebruikten systeembiologische analyses van nieuwe en openbaar beschikbare gegevens bestaande uit (epi)genomica, transcriptomics, metabolomics en proteomics van multi-ancestry cohorten van in totaal > 2500 mensen die leven met HTLV-1 uit 5 landen (Brazilië, Peru, Japan, VK, VS). Bevindingen: Gebruikmakend van een uniek vermengd Braziliaans cohort, onthulde genoombrede associatiestudie (GWAS) Afrikaanse specifieke varianten in inflammasoomsensor AIM2 met genoombrede significantie (p5x10-8) die overeenkomt met metabole, immuun- en neuronale genen werden gevalideerd met behulp van gepubliceerde Japanse GWAS. Polygene risicoscore en provirale belasting waren onafhankelijke ziektevoorspellers over voorouders. Systeembiologische analyse onthulde neuronale/synaptische signalering, monocytentelling, glucose/lipidenmetabolisme en neurocognitie/depressie als genetisch gekoppeld aan HAM. In silico drug screening geïdentificeerd oestrogeen blocker Fulvestrant als de top hit, terwijl ook het bevestigen van bestaande (pre)klinische gegevens voor HDAC-remmers en immunosuppressiva. Gevalideerde GWAS-genen waren overexpressief in volbloed- en CD4-T-cellen van HAM-patiënten, evenals in ruggenmergastrocyten, oligodendrocyten en microglia-eencellig RNAseq. We bevestigden experimenteel verlaagde ApoA1/lipiden/cholesterolspiegels, hogere monocytenspiegels en lagere neurocognitieve scores in multi-ancestry cohorten. We vonden opvallende biologische overeenkomsten tussen retrovirale Hbz/Tax overexpressie, Hbz interactome en HAM multi-omics bevindingen: Verrijking voor lipide / cholesterolmetabolisme, oestrogeensignalering, neurodegeneratieve ziekten en virale routes, waaronder EBV, onlangs geïdentificeerd als de belangrijkste oorzaak van multiple sclerose. Vertolking: Onze datagestuurde aanpak onthult nieuwe ziektemechanismen en therapeutische doelen, en een gevalideerde polygene risicoscore die gerichte surveillance mogelijk maakt voor personen met een hoog risico Een sterke moleculaire overlap met andere neurodegeneratieve / neuro-inflammatoire ziekten onthult gedeelde neuropathogene routes tussen niet-gerelateerde virussen." @default.
• ITSA6K description "Background: HTLV-1 is an enigmatic retrovirus triggering a debilitating neuroinflammatory disease, HTLV-1-associated myelopathy (HAM), with unknown pathogenesis. Both HTLV-1 infection and HAM predominantly affect women and non-white neglected populations. HAM is lacking disease-modifying treatment, as current treatment is mostly symptomatic and inspired by either HIV-1 or multiple sclerosis therapeutic strategies. Methods: We used systems biology analyses of novel and publicly available data comprising (epi)genomics, transcriptomics, metabolomics and proteomics of multi-ancestry cohorts from a total of >2500 People Living with HTLV-1 from 5 countries (Brazil, Peru, Japan, UK, US). Findings: Leveraging an unique admixed Brazilian cohort, genome-wide association study (GWAS) revealed African-specific variants in inflammasome sensor AIM2 with genome-wide significance (p5x10-8) corresponding to metabolic, immune and neuronal genes were validated using published Japanese GWAS. Polygenic risk score and proviral load were independent disease predictors across ancestries. Systems biology analysis revealed neuronal/synaptic signaling, monocyte count, glucose/lipid metabolism, and neurocognition/depression as genetically linked to HAM. In silico drug screening identified estrogen blocker Fulvestrant as the top hit, while also confirming existing (pre)clinical data for HDAC inhibitors and immunosuppressants. Validated GWAS genes were overexpressed in HAM patients’ whole blood and CD4 T-cells, as well as in spinal cord astrocytes, oligodendrocytes, and microglia single-cell RNAseq. We experimentally confirmed decreased ApoA1/lipid/cholesterol levels, higher monocyte levels and lower neurocognitive scores in multi-ancestry cohorts. We found striking biological similarities between retroviral Hbz/Tax overexpression, Hbz interactome and HAM multi-omics findings: enrichment for lipid/cholesterol metabolism, estrogen signaling, neurodegenerative diseases, and viral pathways including EBV, recently identified as the major driver of multiple sclerosis. Interpretation: Our data-driven approach uncovers novel disease mechanisms and therapeutic targets, and a validated polygenic risk score allowing targeted surveillance for high-risk individuals A strong molecular overlap to other neurodegenerative/neuroinflammatory diseases reveals shared neuropathogenic pathways between unrelated viruses." @default.
• ITSA6K description "Contexte: HTLV-1 est un rétrovirus énigmatique déclenchant une maladie neuroinflammatoire débilitante, la myélopathie associée à HTLV-1 (HAM), avec une pathogenèse inconnue. L'infection HTLV-1 et HAM affectent principalement les femmes et les populations négligées non blanches. HAM manque de traitement modificateur de la maladie, car le traitement actuel est principalement symptomatique et inspiré par des stratégies thérapeutiques contre le VIH-1 ou la sclérose en plaques. Méthodes: Nous avons utilisé des analyses de biologie systémique de données nouvelles et accessibles au public comprenant la (épi)génomique, la transcriptomique, la métabolomique et la protéomique de cohortes multi-ancêtres d'un total de >2500 personnes vivant avec HTLV-1 de 5 pays (Brésil, Pérou, Japon, Royaume-Uni, États-Unis). Constatations : S'appuyant sur une cohorte brésilienne mixte unique, l'étude d'association à l'échelle du génome (GWAS) a révélé des variants spécifiques à l'Afrique dans le capteur d'inflammasome AIM2 avec une signification à l'échelle du génome (p5x10-8) correspondant à des gènes métaboliques, immunitaires et neuronaux ont été validés à l'aide du GWAS japonais publié. Le score de risque polygénique et la charge provirale étaient des prédicteurs indépendants de la maladie à travers les ancêtres. L'analyse de la biologie des systèmes a révélé que la signalisation neuronale/synaptique, le nombre de monocytes, le métabolisme glucose/lipide et la neurocognition/dépression sont génétiquement liés au HAM. Le dépistage in silico a identifié le bloqueur d'œstrogènes Fulvestrant comme le premier succès, tout en confirmant les données (pré)cliniques existantes pour les inhibiteurs du HDAC et les immunosuppresseurs. Les gènes GWAS validés ont été surexprimés dans le sang total et les cellules T CD4 des patients HAM, ainsi que dans les astrocytes de la moelle épinière, les oligodendrocytes et l’ARNseq monocellulaire de la microglie. Nous avons confirmé expérimentalement une diminution des niveaux d'ApoA1/lipide/cholestérol, des niveaux plus élevés de monocytes et des scores neurocognitifs plus faibles dans les cohortes multi-ancêtres. Nous avons trouvé des similitudes biologiques frappantes entre les résultats rétroviraux Hbz / Tax overexpression, Hbz interactome et HAM multi-omique: enrichissement pour le métabolisme lipidique/cholestérol, la signalisation des œstrogènes, les maladies neurodégénératives et les voies virales, y compris l'EBV, récemment identifié comme le principal moteur de la sclérose en plaques. Interprétation : Notre approche axée sur les données met au jour de nouveaux mécanismes pathologiques et de nouvelles cibles thérapeutiques, ainsi qu'un score de risque polygénique validé permettant une surveillance ciblée des individus à haut risque." @default.
• ITSA6K description "Hintergrund: HTLV-1 ist ein rätselhaftes Retrovirus, das eine schwächende neuroinflammatorische Erkrankung, die HTLV-1-assoziierte Myelopathie (HAM), mit unbekannter Pathogenese auslöst. Sowohl HTLV-1-Infektion als auch HAM betreffen überwiegend Frauen und nicht-weiße vernachlässigte Bevölkerungsgruppen. HAM fehlt eine krankheitsmodifizierende Behandlung, da die derzeitige Behandlung meist symptomatisch ist und entweder von HIV-1- oder Multiple-Sklerose-Therapiestrategien inspiriert ist. Methoden: Wir verwendeten systembiologische Analysen neuartiger und öffentlich zugänglicher Daten aus (epi)genomics, transcriptomics, metabolomics und proteomics von multi-ancestry Kohorten von insgesamt >2500 Menschen Leben mit HTLV-1 aus 5 Ländern (Brasilien, Peru, Japan, Großbritannien, USA). Feststellungen: Mithilfe einer einzigartigen gemischten brasilianischen Kohorte ergab die genomweite Assoziationsstudie (GWAS), dass afrikanisch-spezifische Varianten des Inflammasomsensors AIM2 mit genomweiter Signifikanz (p5x10-8), die metabolischen, immunologischen und neuronalen Genen entsprechen, mit veröffentlichten japanischen GWAS validiert wurden. Der polygene Risiko-Score und die provirale Belastung waren unabhängige Krankheitsprädiktoren in allen Herkunftsländern. Die systembiologische Analyse ergab neuronale/synaptische Signalisierung, Monozytenzahl, Glukose/Lipid-Stoffwechsel und Neurokognition/Depression als genetisch mit HAM verbunden. Im Silico-Drogenscreening wurde Östrogenblocker Fulvestrant als Top-Treffer identifiziert und gleichzeitig bestehende (prä)klinische Daten für HDAC-Hemmer und Immunsuppressiva bestätigt. Validierte GWAS-Gene wurden in Vollblut- und CD4-T-Zellen der HAM-Patienten sowie in Rückenmarkastrozyten, Oligodendrozyten und Mikroglia-Einzelzell-RNAseq überexprimiert. Wir bestätigten experimentell verringerte ApoA1/Lipid/Cholesterin-Spiegel, höhere Monozyten-Spiegel und niedrigere neurokognitive Werte in Multi-Ahnen-Kohorten. Wir fanden bemerkenswerte biologische Ähnlichkeiten zwischen retroviraler Hbz/Tax-Überexpression, Hbz-Interaktionsom und HAM-Multiomics-Befunden: Anreicherung für den Lipid-/Cholesterinstoffwechsel, Östrogensignalisierung, neurodegenerative Erkrankungen und Viruswege einschließlich EBV, die kürzlich als Hauptursache für Multiple Sklerose identifiziert wurden. Verdolmetschung: Unser datengesteuerter Ansatz deckt neue Krankheitsmechanismen und therapeutische Ziele auf und einen validierten polygenen Risikoscore, der eine gezielte Überwachung von Hochrisikopersonen ermöglicht Eine starke molekulare Überlappung mit anderen neurodegenerativen / neuroinflammatorischen Erkrankungen zeigt gemeinsame neuropathogene Pfade zwischen nicht verwandten Viren." @default.
• ITSA6K identifier "doi:10.48804/ITSA6K" @default.
• ITSA6K issued "2025-04-24T14:44:01Z" @default.
• ITSA6K modified "2025-04-24T14:44:01Z" @default.
• ITSA6K publisher 0419052173 @default.
• ITSA6K subject "Medical and health sciences" @default.
• ITSA6K title "HAM GWAS Samenvatting Statistieken" @default.
• ITSA6K title "HAM GWAS Statistiques sommaires" @default.
• ITSA6K title "HAM GWAS Summary Statistics" @default.
• ITSA6K title "HAM GWAS Zusammenfassung Statistiken" @default.
• ITSA6K citedBy genid67185 @default.
• ITSA6K type Dataset @default.
• ITSA6K contactPoint genid67186 @default.
• ITSA6K keyword "genomics" @default.
• ITSA6K landingPage ITSA6K @default.
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