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• KKFWS9 accessRights PUBLIC @default.
• KKFWS9 bibliographicCitation "Cesa-Luna, Catherine; Geudens, Niels; Girard, Lea; De Roo, Vic; Maklad, Hassan R.; Martins, José C.; Höfte, Monica; De Mot, René, 2022, "Replication Data for: Charting the lipopeptidome of non-pathogenic Pseudomonas", https://doi.org/10.48804/KKFWS9, KU Leuven RDR, V1" @default.
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• KKFWS9 description "A major source of pseudomonad specialized metabolites are the non-ribosomal peptide synthetases (NRPSs) assembling siderophores and lipopeptides. Cyclic lipopeptides (CLPs) of the Mycin and Peptin families are frequently associated with - but not restricted to - phytopathogenic species. We conducted an in silico analysis of the NRPSs encoded by lipopeptide biosynthetic gene clusters in non-pathogenic Pseudomonas genomes, covering thirteen chemically diversified families. This global assessment of lipopeptide production capacity revealed it to be confined to the Pseudomonas fluorescens lineage, with most strains synthesizing a single type of CLP. Whereas certain lipopeptide families are specific for a taxonomic subgroup, others are found in distant groups. NRPS activation domain-guided peptide predictions enabled reliable family assignments, including identification of novel members. Focusing on the two most abundant lipopeptide families (Viscosin and Amphisin), a portion of their uncharted diversity was mapped, including characterization of two novel Amphisin-family members (nepenthesin, oakridgin). Using NMR fingerprint matching, known Viscosin-family lipopeptides were identified in fifteen (type) species spread across different taxonomic groups. A bifurcate genomic organization predominates among Viscosin-family producers and typifies Xantholysin-, Entolysin- and Poaeamide-family producers but most families feature a single NRPS gene cluster embedded between cognate regulator and transporter genes. The strong correlation observed between NRPS system phylogeny and rpoD-based taxonomic affiliation indicates that much of the structural diversity is linked to speciation, providing few indications of horizontal gene transfer. The grouping of most NRPS systems in four superfamilies based on activation domain homology suggests extensive module dynamics driven by domain deletions, duplications, and exchanges." @default.
• KKFWS9 description "Een belangrijke bron van pseudomonad-gespecialiseerde metabolieten zijn de niet-ribosomale peptidesynthetases (NRPS's) die sideroforen en lipopeptiden samenstellen. Cyclische lipopeptiden (CLP's) van de families Mycin en Peptin worden vaak geassocieerd met - maar niet beperkt tot - fytopathogene soorten. We voerden een in silico-analyse uit van de NRPS'en gecodeerd door lipopeptide biosynthetische genclusters in niet-pathogene Pseudomonas-genen, die dertien chemisch gediversifieerde families omvatten. Deze globale beoordeling van de productiecapaciteit van lipopeptide onthulde dat het beperkt was tot de Pseudomonas fluorescens-lijn, waarbij de meeste stammen een enkel type CLP synthetiseren. Terwijl bepaalde lipopeptidefamilies specifiek voor een taxonomische subgroep zijn, worden anderen gevonden in verre groepen. NRPS activeringsdomein-geleide peptidevoorspellingen maakten betrouwbare familietoewijzingen mogelijk, inclusief identificatie van nieuwe leden. Gericht op de twee meest voorkomende lipopeptidefamilies (Viscosin en Amphisin), werd een deel van hun onbekende diversiteit in kaart gebracht, inclusief karakterisering van twee nieuwe Amphisin-familieleden (nepenthesin, oakridgin). Met behulp van NMR-vingerafdrukmatching werden bekende lipopeptiden uit de Viscosine-familie geïdentificeerd in vijftien (type) soorten verspreid over verschillende taxonomische groepen. Een bifurcaat genomische organisatie overheerst onder producenten van de Viscosine-familie en typeert producenten van de Xantholysin-, Entolysin- en Poaeamide-familie, maar de meeste families hebben een enkele NRPS-gencluster ingebed tussen verwante regulator- en transportergenen. De sterke correlatie tussen NRPS-systeemfylogenie en rpoD-gebaseerde taxonomische affiliatie geeft aan dat een groot deel van de structurele diversiteit verband houdt met speciatie, wat weinig aanwijzingen geeft voor horizontale genoverdracht. De groepering van de meeste NRPS-systemen in vier superfamilies op basis van activeringsdomeinhomologie suggereert uitgebreide moduledynamiek aangedreven door domeinverwijderingen, duplicaties en uitwisselingen." @default.
• KKFWS9 description "Eine Hauptquelle für Pseudomonaden-spezialisierte Metaboliten sind die nicht-ribosomalen Peptidsynthetasen (NRPSs), die Siderophore und Lipopeptide zusammensetzen. Zyklische Lipopeptide (CLPs) der Mycin- und Peptin-Familien sind häufig mit - aber nicht beschränkt auf - phytopathogenen Arten assoziiert. Wir führten eine in silico-Analyse der NRPSs durch, die von Lipopeptid-Biosynthese-Genclustern in nicht-pathogenen Pseudomonas-Genomen kodiert wurden, und deckten dreizehn chemisch diversifizierte Familien ab. Diese globale Bewertung der Lipopeptid-Produktionskapazität ergab, dass es auf die Pseudomonas-Fluorescens-Linie beschränkt ist, wobei die meisten Stämme eine einzige Art von CLP synthetisieren. Während bestimmte Lipopeptidfamilien für eine taxonomische Untergruppe spezifisch sind, finden sich andere in entfernten Gruppen. NRPS-Aktivierung domänengesteuerte Peptidvorhersagen ermöglichten zuverlässige Familienzuordnungen, einschließlich der Identifizierung neuer Mitglieder. Mit Fokus auf die beiden am häufigsten vorkommenden Lipopeptidfamilien (Viscosin und Amphisin) wurde ein Teil ihrer unerforschten Vielfalt kartiert, einschließlich der Charakterisierung von zwei neuen Amphisin-Familienmitgliedern (Nepenthesin, Oakridgin). Unter Verwendung des NMR-Fingerabdruckabgleichs wurden bekannte Lipopeptide der Viscosin-Familie in fünfzehn (Typ-)Spezies identifiziert, die über verschiedene taxonomische Gruppen verteilt waren. Eine zweigeteilte genomische Organisation überwiegt unter Viscosin-Familienproduzenten und typisiert Xantholysin-, Entolysin- und Poaeamide-Familienproduzenten, aber die meisten Familien verfügen über einen einzigen NRPS-Gencluster, der zwischen verwandten Regulator- und Transportergenen eingebettet ist. Die starke Korrelation zwischen der Phylogenie des NRPS-Systems und der rpoD-basierten taxonomischen Zugehörigkeit deutet darauf hin, dass ein Großteil der strukturellen Vielfalt mit der Speziation zusammenhängt, was nur wenige Hinweise auf einen horizontalen Gentransfer liefert. Die Gruppierung der meisten NRPS-Systeme in vier Superfamilien auf der Grundlage der Aktivierungsdomänenhomologie legt eine umfangreiche Moduldynamik nahe, die durch Domänenlöschungen, -duplikationen und -austausch angetrieben wird." @default.
• KKFWS9 description "Une source majeure de métabolites spécialisés de pseudomonade sont les synthétases peptidiques non ribosomiques (NRPSs) assemblant des sidérophores et des lipopeptides. Les lipopeptides cycliques (CLP) des familles Mycin et Peptin sont fréquemment associés - mais sans s'y limiter - à des espèces phytopathogènes. Nous avons effectué une analyse in silico des NRPS encodés par des groupes de gènes biosynthétiques lipopeptides dans les génomes non pathogènes de Pseudomonas, couvrant treize familles chimiquement diversifiées. Cette évaluation globale de la capacité de production de lipopeptides a révélé qu'elle était confinée à la lignée Pseudomonas fluorescens, la plupart des souches synthétisant un seul type de CLP. Alors que certaines familles de lipopeptides sont spécifiques à un sous-groupe taxonomique, d'autres se trouvent dans des groupes éloignés. Les prédictions peptidiques guidées par le domaine d'activation du NRPS ont permis des affectations familiales fiables, y compris l'identification de nouveaux membres. En se concentrant sur les deux familles de lipopeptides les plus abondantes (Viscosin et Amphisin), une partie de leur diversité inexplorée a été cartographiée, y compris la caractérisation de deux nouveaux membres de la famille Amphisin (nepenthesin, oakridgin). En utilisant l'appariement d'empreintes digitales RMN, des lipopeptides connus de la famille des viscosines ont été identifiés chez quinze espèces (de type) réparties dans différents groupes taxonomiques. Une organisation génomique bifurquée prédomine parmi les producteurs de la famille Viscosin et caractérise les producteurs de la famille Xantholysin, Entolysin et Poaeamide, mais la plupart des familles disposent d'un seul groupe de gènes NRPS intégré entre les gènes régulateurs et transporteurs apparentés. La forte corrélation observée entre la phylogénie du système NRPS et l'affiliation taxonomique basée sur la rpoD indique qu'une grande partie de la diversité structurelle est liée à la spéciation, fournissant peu d'indications de transfert horizontal de gènes. Le regroupement de la plupart des systèmes NRPS dans quatre superfamilles basées sur l'homologie de domaine d'activation suggère une dynamique de module étendue entraînée par des suppressions de domaine, des duplications et des échanges." @default.
• KKFWS9 identifier "doi:10.48804/KKFWS9" @default.
• KKFWS9 issued "2022-12-08T07:36:11Z" @default.
• KKFWS9 language ENG @default.
• KKFWS9 modified "2022-12-08T07:36:11Z" @default.
• KKFWS9 publisher 0419052173 @default.
• KKFWS9 subject "Basic sciences" @default.
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• KKFWS9 subject "Biotechnology, bio-engineering and biosystems engineering" @default.
• KKFWS9 subject "Chemical sciences" @default.
• KKFWS9 subject "Natural sciences" @default.
• KKFWS9 title "Données de réplication pour: Cartographie du lipopeptidome des Pseudomonas non pathogènes" @default.
• KKFWS9 title "Replicatiegegevens voor: Het in kaart brengen van het lipopeptidome van niet-pathogene Pseudomonas" @default.
• KKFWS9 title "Replication Data for: Charting the lipopeptidome of non-pathogenic Pseudomonas" @default.
• KKFWS9 title "Replikationsdaten für: Abbildung des Lipopeptidoms von nicht-pathogenen Pseudomonas" @default.
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