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• S6N27S accessRights PUBLIC @default.
• S6N27S bibliographicCitation "Denadai Souza, Alexandre, 2025, "Transcriptional Effect of 4HTBZ on Caco2 Cells", https://doi.org/10.48804/S6N27S, KU Leuven RDR, V1" @default.
• S6N27S contributor 0000-0003-0385-1321 @default.
• S6N27S created "2025-08-21T13:29:42Z" @default.
• S6N27S creator 0000-0003-0385-1321 @default.
• S6N27S description "Ce jeu de données comprend quatre fichiers de séquençage d'ARN en vrac (.fastq.gz) et un fichier de métadonnées (.csv). Les données ont été obtenues à partir de cellules épithéliales intestinales Caco-2/TC7 préstimulées avec de l'interféron gamma (IFNG, 2,5 ng/mL) et du facteur de nécrose tumorale alpha (TNF, 10 ng/mL), suivies d'un traitement par 4HTBZ (50 μM) ou véhicule (0,1% DMSO) pendant 72 heures. Trois réplicats biologiques par condition ont été regroupés avant l'extraction de l'ARN. L'ARN total a été isolé à l'aide du RNeasy Mini Kit (Qiagen, Hilden, Allemagne), les bibliothèques d'ADNc ont été préparées avec le QuantSeq 3′ mRNA-Seq Kit (Lexogen, Inc.), et le séquençage a été effectué sur un système Illumina HiSeq4000. Le fichier de métadonnées fournit des exemples d'identificateurs et les conditions expérimentales correspondantes. Les lectures de séquençage brutes ont été évaluées avec FastQC, traitées avec Trimmomatic et alignées sur le génome de référence humain (GRCh38) à l'aide de HISAT2. Cet ensemble de données a été généré pour caractériser les réponses transcriptionnelles des cellules épithéliales intestinales à la stimulation inflammatoire et à la modulation pharmacologique avec 4HTBZ." @default.
• S6N27S description "Deze dataset bestaat uit vier bulk RNA-sequencing bestanden (.fastq.gz) en een metadata bestand (.csv). Er werden gegevens verkregen van Caco-2/TC7 intestinale epitheelcellen die vooraf waren gestimuleerd met interferon gamma (IFNG, 2,5 ng/ml) en tumornecrosefactor alfa (TNF, 10 ng/ml), gevolgd door behandeling met 4HTBZ (50 μM) of voertuig (0,1% DMSO) gedurende 72 uur. Drie biologische replicaten per aandoening werden gepoold voorafgaand aan RNA-extractie. Totaal RNA werd geïsoleerd met behulp van de RNeasy Mini Kit (Qiagen, Hilden, Duitsland), cDNA bibliotheken werden voorbereid met de QuantSeq 3' mRNA-Seq Kit (Lexogen, Inc.), en sequencing werd uitgevoerd op een Illumina HiSeq4000 systeem. Het metagegevensbestand bevat steekproefidentificatoren en bijbehorende experimentele omstandigheden. Ruwe sequentiemetingen werden beoordeeld met FastQC, verwerkt met Trimmomatic en afgestemd op het humane referentiegenoom (GRCh38) met behulp van HISAT2. Deze dataset werd gegenereerd om transcriptionele reacties van intestinale epitheelcellen op inflammatoire stimulatie en farmacologische modulatie met 4HTBZ te karakteriseren." @default.
• S6N27S description "Dieser Datensatz besteht aus vier großen RNA-Sequenzierungsdateien (.fastq.gz) und einer Metadatendatei (.csv). Die Daten wurden aus Caco-2/TC7-Darmepithelzellen gewonnen, die mit Interferon-Gamma (IFNG, 2,5 ng/ml) und Tumornekrosefaktor alpha (TNF, 10 ng/ml) vorstimuliert wurden, gefolgt von einer Behandlung mit 4HTBZ (50 μM) oder Vehikel (0,1% DMSO) für 72 Stunden. Drei biologische Replikate pro Zustand wurden vor der RNA-Extraktion gepoolt. Die gesamte RNA wurde mit dem RNeasy Mini Kit (Qiagen, Hilden, Deutschland) isoliert, cDNA-Bibliotheken wurden mit dem QuantSeq 3′ mRNA-Seq Kit (Lexogen, Inc.) hergestellt und die Sequenzierung wurde auf einem Illumina HiSeq4000-System durchgeführt. Die Metadatendatei enthält Beispielkennungen und entsprechende experimentelle Bedingungen. Raw-Sequenzierungslesungen wurden mit FastQC bewertet, mit Trimmomatic verarbeitet und mit HISAT2 auf das menschliche Referenzgenom (GRCh38) ausgerichtet. Dieser Datensatz wurde generiert, um transkriptionelle Reaktionen von intestinalen Epithelzellen auf Entzündungsstimulation und pharmakologische Modulation mit 4HTBZ zu charakterisieren." @default.
• S6N27S description "This dataset comprises four bulk RNA-sequencing files (.fastq.gz) and a metadata file (.csv). Data were obtained from Caco-2/TC7 intestinal epithelial cells pre-stimulated with interferon gamma (IFNG, 2.5 ng/mL) and tumor necrosis factor alpha (TNF, 10 ng/mL), followed by treatment with 4HTBZ (50 µM) or vehicle (0.1% DMSO) for 72 hours. Three biological replicates per condition were pooled prior to RNA extraction. Total RNA was isolated using the RNeasy Mini Kit (Qiagen, Hilden, Germany), cDNA libraries were prepared with the QuantSeq 3′ mRNA-Seq Kit (Lexogen, Inc.), and sequencing was performed on an Illumina HiSeq4000 system. The metadata file provides sample identifiers and corresponding experimental conditions. Raw sequencing reads were assessed with FastQC, processed with Trimmomatic, and aligned to the human reference genome (GRCh38) using HISAT2. This dataset was generated to characterize transcriptional responses of intestinal epithelial cells to inflammatory stimulation and pharmacological modulation with 4HTBZ." @default.
• S6N27S identifier "doi:10.48804/S6N27S" @default.
• S6N27S issued "2025-08-22T14:16:42Z" @default.
• S6N27S modified "2025-08-22T14:16:42Z" @default.
• S6N27S publisher 0419052173 @default.
• S6N27S subject "Basic sciences" @default.
• S6N27S subject "Health sciences" @default.
• S6N27S title "Effet transcriptionnel de 4HTBZ sur les cellules Caco2" @default.
• S6N27S title "Transcriptief effect van 4HTBZ op Caco2-cellen" @default.
• S6N27S title "Transcriptional Effect of 4HTBZ on Caco2 Cells" @default.
• S6N27S title "Transkriptionelle Wirkung von 4HTBZ auf Caco2-Zellen" @default.
• S6N27S type Dataset @default.
• S6N27S contactPoint genid68422 @default.
• S6N27S keyword "Transcriptome" @default.
• S6N27S landingPage S6N27S @default.
• S6N27S theme HEAL @default.
• S6N27S theme TECH @default.
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• S6N27S isFundedBy genid68420 @default.
• S6N27S isFundedBy genid68421 @default.